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Un complexe d'espèces cryptiques regroupe deux ou plus espèces qui se ressemblent tellement entre elles qu'il est impossible de les distinguer l'une de l'autre d'un point de vue physique, même si elles satisfont tous les autres critères de définition d'une espèce.

Afin de différencier les espèces d'un complexe, il faut souvent aller fouiller dans des données autres que morphologiques. Ainsi donc, il peut s'avérer nécessaire d'analyser le génome des spécimens, de saisir des données bioacoustiques ou de comparer les phéromones sexuelles afin de différencier deux espèces.

Le fait que plusieurs espèces puissent se confondre avec d'autres à l'insu de l'observateur laisse croire que la biodiversité réelle de la Terre est largement sous-estimée par les données actuelles.

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